Účast církví, náboženských společností a charitativních organizací je ve věznici organizována v souladu s Dohodou o duchovní službě a na základě dohody ředitele věznice s příslušnou organizací. Ve věznici je na částečný pracovní úvazek zaměstnáván kaplan z Českobratrské církve evangelické. V případě zájmu je schopen zajistit duchovní služby i vyznavačům jiných církví a náboženství z řad spolupracujících duchovních.
Do věznice dále docházejí za účelem individuálních nebo skupinových pastoračních návštěv zástupci: Římsko – katolické církve, Československé církve husitské, náboženské společnosti Svědci Jehovovi , Adventisté sedmého dne, dále pak bohoslovci pražské teologické fakulty UK, Arcidiecézní charita Praha a Armáda spásy.
Všichni zúčastnění vedle svého zaměření pořádají ve věznici dle svých možností přednášky, koncerty, besedy. V neposlední řadě participují na vzdělávání jak u odsouzených, tak i personálu věznice.
Významným počinem byla i bohoslužba, která se konala v prostorách Věznice Vinařice na sklonku roku 2004 a byla vysílána v přímém přenosu na programu ČT 2. Na její organizaci a samotném vedení se podíleli kazatelé Českobratrské církve evangelické, Evangelické církve metodistické a Československé církve husitské.