Duchovní služba a její koordinace je ve věznici zajišťována kaplanem věznice. Ve věznici působí i další dobrovolní duchovní, kteří sem pravidelně docházejí. Jsou to např. římskokatoličtí duchovní z farností Mimoň a Doksy a duchovní z Církve bratrské z Liberce, který ve spolupráci s kaplanem zajišťuje program Mezinárodního vězeňského společenství – projekt „Vězňova cesta“. Ve věznici se angažují též členové NSSJ. Služba je vedena v rámci ekumenické spolupráce a vzájemné zastupitelnosti v oblastech, kde to povaha konfese umožňuje. Jsou vysluhovány společné vánoční a velikonoční bohoslužby, společně probíhají případné křty apod. Koordinace duchovní služby je zajišťována tak, že kaplan jedná s jednotlivými duchovními a vedením věznice, rovněž zajišťuje organizaci jejich pravidelných setkávání s vězni. Ta se konají většinou v kapli věznice.
Služba kaplana je zakomponována do programů zacházení u těch odsouzených, kteří o ni projeví zájem. Za tímto účelem byly vypracovány projekty pro určité úseky práce kaplana. V rámci těchto programů dochází k úzké spolupráci mezi kaplanem, vedením věznice a odborníky oddělení výkonu trestu. Kaplan je také externím členem některých pracovních týmů, díky tomu se může snadněji zapojit do procesu resocializace vězněných osob. Podílí se na práci s odsouzenými cizinci a v případě nutnosti je k dispozici pro oblast krizové intervence odsouzených ve spolupráci s terapeutem a psychologem věznice.
Mimo věznici je duchovní služba zaměřena např. na reprezentaci práce s vězni na Velehradských dnech dobré vůle. Kaplan je členem Odborné rady Mezinárodního vězeňského společenství z. s. a členem Vězeňské duchovenské péče. Nad rámec běžné služby je také členem odborného pracovního týmu hlavního kaplana.
V roce 2017 se podařilo ve spolupráci s Církví bratrskou a mezinárodní organizací Prison Fellowship International realizovat projekt Metanoia II, který v souladu s Koncepcí vězeňství do roku 2025 umožňuje církvím lépe spolupracovat s věznicí v oblasti návazné postpenitenciární péče o propuštěné osoby. Projekt získal v roce 2018 ocenění Ministra spravedlnosti. V rámci projektu se kaplan účastní bohoslužebné činnosti a přednáškové činnosti v církvích a vystupuje při dalších setkáních. Pravidelně jedenkrát měsíčně se v rámci tohoto projektu schází v týmu dobrovolníků s bývalými odsouzenými, kterým je nabízena pomoc. Někteří z těchto odsouzených již sami účinně pomáhají novým klientům.
Veškerá činnost kaplana je konána v součinnosti a ve spolupráci s Oddělením výkonu trestu a dalšími zaměstnanci věznice.