Oddělení výkonu trestu VV a ÚpVZD Praha Pankrác zabezpečuje výkon trestu odnětí svobody u odsouzených v typu věznice s ostrahou, s nízkým, středním a vysokým stupněm zabezpečení. Podmínky výkonu trestu jsou uplatňovány v souladu se zákonem č. 169/1999 Sb. O výkonu trestu odnětí svobody a o změně některých souvisejících zákonů, vyhláškou Ministerstva spravedlnosti č. 345/1999 Sb., kterou se vydává řád výkonu trestu odnětí svobody a Vnitřním řádem pro odsouzené VV a ÚpVZD Praha Pankrác. Po nástupu do výkonu trestu je odsouzený ubytován v přijímacím oddílu. Pobyt v tomto oddílu zpravidla nepřevýší dva týdny, za současného provedení preventivní vstupní lékařské prohlídky a dalších úkonů, vyplývajících ze zákonných norem. Zacházení s odsouzenými je uplatňováno v souladu s výše uvedenými právními předpisy. V rámci diferenciace jsou odsouzení umisťováni odděleně mladiství od dospělých, recidivisté od odsouzených, kteří jsou ve výkonu trestu poprvé, odsouzení za úmyslně spáchané trestné činy od trestných činů z nedbalosti, trvale pracovně nezařaditelní, odsouzení s poruchami duševními, poruchami chování, s uloženým ochranným léčením a ti velmi nebezpeční dle § 72 a) uvedeného zákona.
VV a ÚpVZD Praha Pankrác je nástupní věznicí, přičemž po nástupu do výkonu trestu je odsouzenému provedena kompletní vstupní lékařská prohlídka, je ubytován do přijímacího oddílu, a to do doby rozhodnutí o umístění do konkrétního stupně zabezpečení. Následně je určena věznice, do které bude odsouzený trvale umístěn k dalšímu výkonu trestu. Do standardního oddílu je ubytován odsouzený, který byl trvale určen k výkonu trestu do zdejší VV a ÚpVZD. Oddíly jsou určeny pro odsouzené v typu věznice s ostrahou, umístěné do nízkého, středního a vysokého stupně zabezpečení. Odsouzení, kteří by se měli intenzivně připravovat na propuštění z výkonu trestu, jsou ubytováni do Výstupního oddílu.
Účelem trestu je chránit společnost před pachateli trestných činů, zabránit odsouzenému v dalším páchání trestné činnosti a vychovat jej k tomu, aby vedl řádný život, a tím působit výchovně i na ostatní členy společnosti (zák. č. 140/1961 Sb, § 23 tr. zák.).
Trest a odměna je jedním ze dvou základních výchovných prostředků. Účelem trestu je ochrana společnosti před pachateli trestných činů, avšak jeho poslání je nutno vidět i v oblasti preventivní. Podmínkou účinnosti jakékoliv sankce – trestu je individuální přístup, přičemž trest by měl následovat v co možná nejkratší době po provinění. Velmi důležitým ukazatelem represe je míra pocitu viny a přijmutí trestu. Značná část odsouzených, zejména zkušených recidivistů s narušenou osobností pocit viny nemá a nejsou ochotni akceptovat, že trest je důsledkem jejich protiprávního jednání, důsledkem za nerespektování obecně platných pravidel ve společnosti. Za těchto okolností lze jen těžko očekávat posun směrem k lepšímu a jakýkoliv impuls k nápravě.
Účelem výkonu trestu odnětí svobody je snaha o možnou reintegraci odsouzeného se zřetelem na individuální osobnost každého jedince. Základní funkci trestu odnětí svobody nazývá penologie funkcí regulativní. Naplňování této funkce ve vězeňství předpokládá uplatňování progresivního výkonu trestu s diferenciovaným zacházením s různými skupinami odsouzených. Další funkcí trestu je funkce vyrovnávací, která si klade za cíl eliminovat nebo alespoň kompenzovat negativní emoce poškozených. Velmi důležitým aspektem vyrovnávací funkce trestu je skutečnost, že pachatel dostává příležitost a prostor k zamyšlení nad tím co spáchal, vyrovnávání se s pocitem viny a přijetí odpovědnosti za svůj čin se všemi důsledky z toho vyplývajícími.
Program zacházení se zpracovává na základě komplexní zprávy, která se vytváří na nástupním oddělení.
Výsledkem je tedy pedagogická, psychologická a sociální charakteristika. Součástí komplexní zprávy je též i hodnocení vychovatele nástupního oddělení a lékařská zpráva. Závěr výše uvedených charakteristik obsahuje doporučení jednotlivých odborných pracovníků k programu zacházení. Program zacházení je výchovným prostředkem, prostřednictvím něhož jsou odsouzení vedeni k přijetí odpovědnosti za spáchaný trestný čin a zároveň slouží k naplňování účelu výkonu trestu.
Program zacházení obsahuje konkrétně formulovaný cíl působení na odsouzeného, metody zacházení s odsouzeným směřující k dosažení cíle a způsob a četnost hodnocení. Pravidelnou součástí programu zacházení je určení způsobu zaměstnávání odsouzeného, jeho účasti na pracovní terapii, vzdělávání anebo jiné náhradní činnosti, směřující k vytvoření předpokladů pro jeho samostatný způsob života. Pokud u odsouzeného přichází v úvahu více variant programu zacházení, umožní se mu výběr (zák. č. 169/1999 Sb, § 41 odst. 3).
Program zacházení obsahuje pracovní povinnosti, vzdělávací, speciálně výchovné a zájmové aktivity a oblast utváření vnějších vztahů. Pedagog sestavuje tento program zacházení s ohledem na zdravotní stav odsouzeného, jeho osobnost, zájmy a záliby, fyzické a psychické předpoklady pro splnění daného programu zacházení. Dále na základě údajů obsažených v komplexní zprávě a za současného zohlednění všech skutečností formuje cíle výchovného působení na odsouzeného a metody, které k daným cílům směřují.