V procesu penitenciární a postpenitenciární péče hrají nezastupitelnou roli nestátní neziskové organizace (dále jen "NNO"), které vězněným osobám prostřednictvím sociálních pracovníků nabízejí svoje služby.
Vazební věznice České Budějovice udržuje kontakt s několika NNO, které pomáhají vězněným osobám především při řešení bytových otázek a hledání práce pro propuštění. Nejčastěji spolupracujeme s NNO Mezi proudy o.p.s., Charitou České republiky, Fokus Praha z. ú., Volonté Czech o.p.s. a AL PASO Vysočina.
Dlouhodobá a nejpřínosnější je spolupráce s NNO Prevent 99 z.ú., která ve vazební věznici zajišťuje adiktologické služby. Pracovníci Preventu pravidelně navštěvují své klienty ve věznici a realizují s nimi individuální pohovory. Známkou úspěšné spolupráce je, že vězněné osoby udržují s touto NNO kontakt i po přemístění do jiné věznice, příp. po propuštění do civilního života.
V roce 2021 došlo na navázání spolupráce s NNO Centrum podpory podnikání o.p.s., která zajišťuje postpenitenciární péči. Ještě během výkonu trestu odnětí svobody naváže odsouzený kontakt se svým mentorem, který jej provede od přípravy na propuštění po opětovné začlenění do společnosti.
Nejnovější spolupráce byla navázána s NNO Thei - krizové centrum o.p.s., která se ve vazební věznici zaměřuje na dluhové poradenství a pomoc vězněným osobám s dluhovou problematikou.
V neposlední řadě spolupracujeme s Dobrovolnickém centrem při Diecézní charitě České Budějovice, která vězněným osobám nabízí možnost zapojit se do projektu "Vězeňská korespondence."