Výzkum je jednou z klíčových činností Akademie VS ČR. Zaměřuje se nejen na penologická témata, ale pozornost je věnována také historii českého vězeňství. V minulých letech spolupracovala Akademie VS ČR v oblasti výzkumu s Vysokou školou tělesné výchovy a sportu Palestra https://www.vscr.cz/organizacni-jednotky/akademie-vs-cr/clanky/detail/vysledky-vyzkumu-tykajiciho-se-wellness-zverejneny. Nově využívá Akademie také výsledků výzkumu, který provádí Institut pro kriminologii a sociální prevenci (viz Výzkum IKSP níže).
