Pro kvalitní vzdělávání českého vězeňského personálu je nezbytná spolupráce s dalšími vzdělávacími institucemi.
Výměna zkušeností v oblasti penitenciární a post-penitenciární péče a organické propojování vězeňské a probační služby jsou pro rozvoj českého vězeňství klíčové. Proto Akademie VS ČR úzce spolupracuje s oddělením vzdělávání Probační a mediační služby ČR https://www.pmscr.cz/. V rámci mezinárodních projektů hrazených z Evropských a Norských fondů jsou realizována školení jak pro vězeňský personál, tak pro probační úředníky. Kromě toho se zástupci Probační a mediační služby ČR účastní různých konferencí a mezinárodních vzdělávacích akcí organizovaných Akademií VS ČR.
Policejní akademie ČR https://www.polac.cz/g2/index.php je dalším významným partnerem Akademie VS ČR. Vězeňský personál má možnost zdarma absolvovat kurzy nabízené pro příslušníky bezpečnostních sborů. Příslušníci i občanští zaměstnanci VS ČR si mohou vybrat z široké nabídky cílené na vybrané profesní skupiny.
Akademie VS ČR dlouhodobě spolupracuje také s Vyšší policejní školou a Střední policejní školou MV v Praze https://www.skolamv.cz/ a v Holešově https://www.spshol.cz/ , které nabízejí vzdělávací aktivity některým profesním skupinám se specifickým zaměřením.
Řidiči eskortních vozidel VS ČR absolvují školení díky spolupráci s Hasičským záchranným sborem Hlučín https://www.hzscr.cz/den-izs-hlucin.aspx
Zdravotnická záchranná služba Libereckého kraje https://www.zzslk.cz/ pak zajišťuje akreditované zdravotnické vzdělávání pro řidiče sanitek VS ČR.
Akademie VS ČR spolupracuje také při vedení a oponování kvalifikačních prací a při zajišťování účasti na přednáškách a seminářích s univerzitami a vysokými školami, jako jsou například: Univerzita Karlova Praha https://cuni.cz/UK-1.html, Technická univerzita v Liberci https://www.tul.cz/en/home-page/, Vysoká škola tělesné výchovy a sportu Praha Palestra https://vstvs.palestra.cz/, Univerzita Jana Amose Komenského Praha https://vstvs.palestra.cz/ či Vysoká škola aplikované psychologie Terezín http://www.vsaps.cz/.
Oblast penologického výzkumu je významnou součástí činností Akademie VS ČR. V této oblasti spolupracuje například s Institutem pro kriminologii a sociální prevenci http://www.ok.cz/iksp/.
Od roku 2021 spolupracuje Akademie VS ČR také s Agenturou Evropské unie pro vzdělávání a výcvik v oblasti prosazování práva CEPOL se sídlem v Praze https://www.mvcr.cz/clanek/mezinarodni-spoluprace.aspx, která nabízí vězeňskému personálu vzdělávací kurzy a semináře včetně mezinárodních.